影响混凝效果的主要原因有水温、水的PH值、水中悬浮物等。
水温对混凝效果明显影响。新疆地区冬季地表水温很低，有时水温在0度左右，尽管投加大量混凝剂也很难获得良好的混凝效果，通常混凝体形成缓慢，混凝颗粒细小、松散。碱式氯化铝受水温影响更大一些，因为铝盐在水温低时水解速度极其缓慢，聚合硫酸铁相对比较而言受的影响小些。
水的PH值对混凝效果的影响，这两种高分子混凝剂都不明显，碱式氯化铝对水处理的PH值适应范围在4-8，聚合硫酸铁在4-11，总体来说聚合硫酸铁PH值适应范围范围广些。
当原水中悬浮物含量少时，即原水浊度低时，聚合硫酸铁混凝的效果好些；如果原水浊度很高时碱式氯化铝的混凝效果好
两者总体比较；碱式氯化铝适应水温较高，浊度较高的水质。聚合硫酸铁适用水体PH幅度宽，对低温低浊水净化效果好。
